What do you think it is? と、Do you know what it is?で、なんで、think の場合、what が、文頭に来るのかわかりますか？日本語にしてみると、
Do you think … をどう思う？
Do you know … を知ってる？
と、なんとなく似ているので、よく比較して考えますね。でも、本当の違いは、構造的な違い手ではなくて、それぞれの動詞が持つ意味の違いです。
Do you think … で、聞く場合、「相手は何を考えているか？」を聞きます。こちらは、相手が何を考えているかは、まだわかりません。だから、なんだかモヤモヤした、ふにゃふにゃのイメージです。
相手が答えてくれると、そのイメージが、クリアになっていきます。
聞きたいのは、そのもやもや感のあるイメージです。
What do you think it is?
とか言うと、聞きたい部分は、What です。
英語は、聞きたい部分とか、知りたい部分が最初に現れます。
What do you think … と聞かれると、聞かれた相手は、「おぅ、what
を聞きたいんだね？」と直感的に察知します。
同様に、What
do you recommend …（推薦する）? や、What do
you suggest …（提案する）? も、相手に聞きたいのは、こちらが分かっていない what の部分を答えて欲しいわけです。
ところが、
Do you know … ? の場合、know と言う動詞は、「。。。を知っている」と言う意味です。
「。。。」の部分は、例えば、「彼のこと、知ってる？」とか、「xxxと言う名前の会社知っている？」とか、「物」とか、「こと」、とか「状況」のことを知っているかどうかを聞いています。つまり、ものとか、こと（事）なので、名詞であることがほとんどです。もしくは、状況などを知っている場合には、「。。。のこと」知ってる？と、「こと」と言う日本語を付けます（名詞化しています）。
これは、”what
it is” で、what が名詞節を作る感覚と同じです。
そうすると
Do you know what it is?
と know の後ろの、「こと」が来るような表現になります。Know の後ろに来る名詞や、名詞節は、もやもや感がありません。
この文の答えは、まず、Yes, I do. No, I don’t. と言います。
つまり、知っているか知っていないかに重点があります。この場合、”what it is” を、疑問詞のように、「それは、何？」と聞いている部分は、二の次です。
結論：
what do
you think …? の場合には、what
を答えて欲しい。
Do you know …? の場合は、こちらは、相手が知っているかどうかに、興味がある。
この違いが、what
の位置の違いになります。
（もちろん文法的には、think の場合に what は、疑問視と呼ばれ、know の後に、たまたまくる what は、名詞節を作る what と色分けされますが、そんなことを考えていると、what の位置がいつまでたってもわかりません。）
