except と except for の違い

この違いを知るには、forの意味をよく体で感じなければなりません。
for は、「これに関して」というように範囲を限定するためのものです。
従って、何かを話していて、全体と部分としての範囲が明確な場合、forは使わなくていいんです。例えば、
Everybody was busy except him.
の場合、前にEverybodyという「全体」があり、その後でexceptが来ると、文脈の解釈から聞いている人は「全体はこうです。次は部分の話をしますよ。」と心の準備ができている。だからforがなくてもいい。もう既に、次は部分の話をすることがわかっているからです。

でも、この全体のことを言わずに、「…以外は、」というときは、聞く側は、大きな世界と小さな世界（部分）の判断か付かない状態にありますから、「どこそこの部分以外はね。」とはっきりと世界を絞り込んで話さないとわかりません（心が落ち着きません）。そういう時は、forがくっついてこないと、聞き手にとってのもやもや感がなくなりません。

The thesis is finished except for the conclusion.
論文は結論の部分を除いては、書き上がっている.

という分では、前半のThe thesis is finishedの部分でも文は成立していますが、その次に“唐突に”exceptが来ると、聞き手は、一瞬、無意識に「部分を探し始めます。」その安定していない状態を落ち着かせるために、forで範囲を限定してあげます。

いろいろな説明を見ると、「文全体を修飾するときには、forが要る。」とか、しちめんどうくさい説明が多いですが、
文頭にExceptが来ると、全体がわからない状態で、“唐突に”部分の話をしようとしているので、はげしい唐突感に襲われます。
だからforは、かならずつけなければ、心が落ち着かないわけです。